Ikki o'lchovli gel elektroforez texnologiyasi va mass-spektrometriya texnologiyasi hozirgi vaqtda proteomikani o'rganishda eng ko'p qo'llaniladigan usul hisoblanadi. Ikki o'lchovli gel elektroforez texnologiyasi turli xil oqsillarni ajratish uchun oqsil izoelektrik nuqtasi va molekulyar og'irlik farqidan foydalanadi. Kam miqdordagi oqsillarni ikki o'lchovli jel elektroforezi bilan ajratish qiyin bo'lsa ham, uning ishlashiga nisbatan yuqori talablar mavjud, ammo uning yuqori o'tkazuvchanligi, yaxshi piksellar sonini va takrorlanuvchanligi va mass-spektrometriya bilan birlashtirilish xususiyatlari uni eng mashhur va ishonchli qiladi Proteomikani o'rganish usullari. Ikki o'lchovli gel elektroforez texnologiyasi va mass-spektrometriyaga asoslangan proteomikani o'rganish protseduralari namuna tayyorlash → izoelektrik fokuslash → poliakrilamid jel elektroforezi → jelni bo'yash → qiziquvchan oqsil joylarini qazib olish → jelda hazm qilish → pektidlarni aniqlash uchun mass-spektrometriya tahlili. Barmoq izi yoki qisman amino kislota ketma-ketligi → proteinni aniqlash uchun ma'lumotlar bazasidan foydalaning. Proteomik tadqiqotlar yuqori aniqlikdagi oqsillarni ajratishni va aniq va sezgir mass-spektrometriya identifikatsiyalash usullarini talab qiladi. Jel elektroforezidagi oqsillarning ranglanishi nafaqat oqsil ajratish rezolyutsiyasiga, balki keyingi mass-spektrometriya identifikatsiyasiga ham ta'sir qiladi. Oqsillarni bo'yashni to'rt toifaga ajratish mumkin: organik reagentni bo'yash, kumush rang bilan bo'yash, lyuminestsent rang berish va izotoplarni bo'yash.
Unlu va boshq. floresan differentsial displeyining ikki o'lchovli elektroforezi (F-2D-DIGE) miqdoriy proteomikasini tahlil qilish usulini taklif qildi. Differentsial gel elektroforezi (DIGE) - bu 2-DE ning texnik yaxshilanishi. U bir nechta flüoresan tahlil usulini birlashtiradi. U bir xil gelda turli xil lyuminestsentsiya bilan etiketlenmiş bir nechta namunalarni ajratadi va ichki asosiy tushunchani taqdim etadi. Ikki namunadagi oqsillar har xil lyuminestsent yorliqlar bilan aralashtirib, ikkita namunadagi oqsilning ifodasini aniqlash uchun 2-DE ni bajaradi, natijada natijalarning aniqligi, ishonchliligi va takrorlanuvchanligi ancha yaxshilanadi. DIGE texnologiyasida har bir oqsil dog'ining o'ziga xos ichki standarti mavjud va dasturiy ta'minot har bir oqsil joyining ichki standartiga muvofiq o'z ifodasini avtomatik ravishda kalibrlashi mumkin, aniqlangan oqsillarning ko'pligi o'zgarishi haqiqatdir. DIGE texnologiyasi turli xil namunalarda qo'llanilgan.