Maxsus funktsiyalari bo'lgan genlar" float" shunga o'xshash yovvoyi o'simlik shtammlariga, ularni gerbitsidlarga chidamli va boshqarishni qiyinlashtiradi; yoki zararkunandalarning hasharotlarga qarshi antikorlarni ishlab chiqarishiga olib keladi. Bundan tashqari, ba'zi mayda jonzotlar insektitsid funktsiyalari bilan genetik jihatdan o'zgartirilgan o'simliklarni iste'mol qilgandan keyin yo'q bo'lib ketishi mumkin. Qo'llab-quvvatlovchilar qishloq xo'jaligi ishlab chiqarishining o'zi atrof-muhitga zarar etkazadigan faoliyat ekanligini va genetik modifikatsiyalangan ekinlar atrof-muhitga an'anaviy qishloq xo'jaligiga qaraganda ko'proq zarar etkazmasligini ta'kidladilar. O'simliklar hasharotlarga qarshi turish qobiliyatiga ega va dehqonlar atrof-muhit va biologik muhofaza uchun foydali bo'lgan hasharotlar sepilishini kamaytirishi mumkin.
Bunday nizolarni qisqa vaqt ichida xulosa qilish oson emas. Genetik modifikatsiyalangan ekinlar haqidagi tortishuvlarni odatiy hodisa deb aytish kerak. Birinchidan, yangi ishlab chiqarilgan navlarning o'zi mukammal emas va ularning inson tanasi va atrof-muhitga o'rta va uzoq muddatli ta'siri hali ham ko'rinib turibdi. Odamlar o'zlarining tashvishlarini qonuniy sabablarga ko'ra bildiradilar. Ikkinchidan, har doim yangi texnologiyalar mahsulotlariga o'rganmagan va ularni qabul qilishdan bosh tortgan ba'zi konservativ odamlar bo'ladi. Keyin savdo manfaatlari to'qnashuvi ta'siri mavjud. Ba'zi mamlakatlarning hukumatlari va manfaatdorlik guruhlari savdo urushlariga qarshi kurashish uchun genetik jihatdan modifikatsiyalangan oziq-ovqat mahsulotlarining etishmovchiligidan foydalanib, ishlarni yanada murakkablashtirmoqda.